El análisis de un haplogrupo común con los neandertales, no permite confirmar la hibridación.

La distribución de los haplogrupos (NE1,non-NE1) en las poblaciones modernas se explica de forma más parsimoniosa por el mantenimiento de una subestructura antigua que por una hibridación.

En los humanos modernos, se ha identificado un segmento en el genoma (gen APOBEC3G, quizá relacionado con la inmunidad anti-viral), con una subestructura antigua, que varía en dos haplogrupos muy divergentes:

• El haplogrupo NE1 se alinea con el haplotipo neandertal y está presente también en los denisovanos.
• El haplogrupo non-NE1 se alinea con el haplotipo chimpancé y por ello, probablemente, es el tipo ancestral.

Omer Gokcumen, Qihui Zhu, Lubbertus CF Mulder, Rebecca C. Iskow, Cristiano Austermann, Christopher D. Scharer, Towfique Raj, Jeremy M. Boss, Shamil Sunyaev, Alkes Price, Barbara Stranger, Viviana Simon y Charles Lee han estudiado la distribución de estos haplogrupos en la población actual.

Según sus conclusiones, el haplogrupo NE1 está presente en los africanos (incluso en los Mbuti, una población muy aislada), aunque con menos frecuencia que en los euroasiáticos. La presencia africana indica un origen antiguo de este haplogrupo y refuta que su procedencia en los modernos se deba a un cruzamiento con los neandertales. Además, la población africana muestra más variantes de NE1 que la población euroasiática, lo que permite refutar también que su presencia en los africanos se deba a la vuelta a África de una población tras una hibridación con los neandertales fuera de este continente. 

La variación observada en este locus es anterior a la divergencia con los neandertales y se conserva, especialmente en las poblaciones europeas, debido a mecanismos de polimorfismo equilibrado (balancing selection, la selección premia a los heterocigóticos para ese gen).  Un sello distintivo del polimorfismo equilibrado es que se mantiene un alto nivel de variación antiguo durante largos periodos de tiempo.

Las muestras disponibles de neandertales y denisovanos son homocigóticas NE1, pero el número de  muestras es demasiado escaso para poder asegurar la total ausencia del alelo non-NE1 en aquellas poblaciones.

No pueden excluirse por completo migraciones o cuellos de botella poblacionales inusuales.

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