Han encontrado evidencias de varias etapas de colonización:
- La primera etapa, forma parte de la dispersión africana hace 50 ka. El nivel del mar era entonces mucho más bajo, las islas estaban unidas en una gran masa de tierra y el occidente de Indonesa unido al continente.
- En la segunda etapa se produjeron, a lo largo del Paleolítico, episodios recurrentes de colonización desde el continente asiático.
- La tercera etapa representa los movimientos del Neolítico de poblaciones endémicas. Algunos pueden implicar dispersiones de población desde (y quizás a) Taiwan, mientras que otros reflejan los movimientos entre grupos de islas de Indonesia.
- La cuarta etapa refleja los movimientos históricos en Indonesia , en su mayoría relacionados con el comercio y la consiguiente expansión de las grandes religiones de la India, Arabia y China.
Poblamiento del sureste de Asia, Australia y Oceanía
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